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A propos de bonne pratique scientifique.

Oui, ces billets n’engagent que moi : voir le blog de Hervé This : http://www.agroparistech.fr/1-A-propos-de-ce-blog.html->http://www.agroparistech.fr/1-A-propos-de-ce-blog.html]
Mais j’invite tous ceux qui veulent faire mieux (ce qui est mieux que faire seulement bien) à m’aider, en me proposant des améliorations : icmg[at]agroparistech.fr

La communauté semble être fixée sur cette idée que les travaux scientifiques doivent faire l’objet de publications. J’en prends pour preuves le fait que les scientifiques sont évalués sur lesdites publications. Et c’est un fait que quand on cherche à faire de la bibliographie sur les bonnes pratiques scientifiques, on trouve surtout des recommandations en matière de publication scientifique. Souvent il s’agit de conseils aux auteurs en vue de publier, mais c’est amusant d’observer que c’est là prendre le problème par la fin, au lieu le prendre par le commencement.
Qu’importe (pour le moment) : allons-y voir, afin de trouver éventuellement des idées pour ce guide des bonnes pratiques que nous voudrions constituer.

Que lit-on dans les conseils aux auteurs ? Il est recommandé que l’introduction situe la question, en montre l’importance, et dise quelle hypothèse a été testée. Puis il y a ces "Matériels et méthodes", où l’on doit justifier ce qui a été fait, avant de passer aux résultats, pour lesquels les conseils aux auteurs insistent sur les traitements statistiques. Après quoi on arrive à la discussion, pour laquelle peu de conseils sont donnés.
Je n’entre pas dans les détails, mais voilà la teneur des documents fournis aux scientifiques-auteurs. Comparons cela à la "raison". Puisque la science part d’en phénomène, en vue d’en identifier les mécanismes, la bonne démarche ne serait-elle pas d’abord d’identifier un phénomène, et d’expliquer pourquoi ce choix a été fait ?
A priori, tous les choix sont possibles, mais un choix particulier est meilleur s’il est raisonné, et la justification est moins une justification qu’une explication des raisons pour lesquelles le choix a été fait.
Cela, c’est donc le début de l’introduction, mais c’est surtout le début du travail scientifique. Les scientifiques qui décident d’étudier une question doivent avoir la possibilité de dire pourquoi ils ont fait la direction qu’ils ont prise et pas une autre. Le choix étant fait, il est sans doute souhaitable d’exposer ce qui avait été préalablement fait, car il n’est généralement pas utile de refaire des travaux déjà effectués, à moins d’avoir une raison de le faire, ce qui devra être justifié (par exemple, je me souviens que le mathématicien français M. Osterlé avait produit de belles mathématiques en reprenant les Disquisitiones arithmeticae de Carl Friedrich Gauss, il y a quelques années).
Dans les deux cas, il faudra avoir exposé l’état de l’art sur la question particulière qui est étudiée. Pour cette bibliographie, elle doit être exhaustive et raisonnée. Le fait qu’un auteur s’adresse d’abord à des rapporteurs n’est que la conclusion d’un processus qui est que le scientifique doit pouvoir justifier sa bibliographie. On n’a pas à citer tous les articles, mais à faire l’état de l’art, et le choix des articles retenu doit avoir cet objectif.
L’état de l’art étant connu, il devient maintenant possible de positionner une recherche, mais on voit, bien sûr, que cela doit être fait bien avant la publication, ce que je disais préalablement.
Avant de positionner une recherche, il faut avoir situé le travail précis que l’on veut faire, en conservant bien l’objectif général de la recherche scientifique, qui est de pousser plus loin les limites de la connaissance. L’expérience que l’on fait, le travail que l’on effectue, doivent pousser plus loin les limites de la connaissance, et, évidemment, la qualité, la valeur de ce travail, sera jugée à la quantité connaissances qui aura été produite, de combien les limites de la connaissance auront été reculées. Dans les publications, l’ambition peut être montrée en fin d’introduction, et la conclusion sert à établir combien l’objectif a été atteint.
La constitution des matériels et méthodes, dans les articles, correspond également à des bonne pratique, qui ont dû être mises en œuvre au début du travail, et non pas lors de la rédaction d’articles. Il y a des questions de matériel, il y a des questions de méthode. Je n’entre pas dans cette discussion, qui fait l’objet d’un autre billet.
Pas plus que pour le résultat et la discussions, déjà traités, et je conclus surtout que les conseils aux auteurs sont en réalité une façon a posteriori d’édicter des règles de bonne pratique, mais on aurait gagné à mettre en œuvre ces règles en tout début de travail, et pas lors de la publication.
En tous cas, ces conseils aux auteurs sont la preuve que des règles de bonnes pratique pourraient être édictées utilement pour aider nos jeunes amis, et nous mêmes !, à faire de la bonne science.

Ajout du 12 décembre 2017 : trois académies, dont l’Académie des sciences française, viennent d’émettre un avis sur les bonnes pratiques dans l ’évaluation des chercheurs. Je le mets en pj.

avis111217.pdf

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