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AgroParisTech

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BIOGER (Biologie et gestion des risques en agriculture)

UMR 1290 AgroParisTech, INRAE, Université Paris-Saclay

Orientation scientifique générale

L’unité mixte de recherche BIOGER (Biologie et gestion des risques en agriculture, UMR INRAE/AgroParisTech), pôle de référence français de recherche sur les maladies fongiques des plantes de grande culture (blé, colza) et de la vigne, développe des approches pluridisciplinaires (génomique, biologie moléculaire et biochimie, biologie cellulaire, génétique, génétique des populations, évolution, épidémiologie, modélisation, phénotypage, diagnostic et taxonomie) et multi-échelles (du gène au paysage). Nos principaux modèles comprennent les rouilles du blé, Zymoseptoria tritici (septoriose du blé), Leptosphaeria maculans (nécrose du collet du colza), des pathogènes généralistes comme les espèces Botrytis cinerea et Colletotrichum responsables respectivement de la pourriture grise ou de l’anthracnose sur une série d’hôtes. À l’exception de L. maculans, ces champignons sont classés parmi les 10 agents pathogènes fongiques les plus importants du monde de par leur importance scientifique et économique, B. cinerea étant classé 2e et les rouilles 3e. Les recherches menées à BIOGER avec nos collaborateurs ont permis d’élever ces espèces fongiques au rang de modèles pour certains de leurs traits génomiques, biologiques, écologiques ou adaptatifs.

Nos travaux sont organisés en trois grands thèmes de recherche intégrés :
1. Décrypter les mécanismes impliqués dans les interactions biotiques au sein de l’écosystème de la plante attaquée
2. Comprendre les mécanismes et la dynamique de l’adaptation chez les champignons phytopathogènes
3. Développement, évaluation et transfert de stratégies durables pour la gestion des maladies fongiques

Les recherches menées génèrent des connaissances scientifiques à la fois fondamentales et opérationnelles qui permettent de répondre aux attentes de la société et de différentes filières agricoles sur une gestion efficace et durable des maladies fongiques des plantes de grande culture.

Champs de recherche

L’unité est composée de cinq équipes :

Équipe Épidémiologie (maladies aériennes du blé)
- Adaptation hôte-pathogène multi-échelles : spécialisation à l’hôte et adaptation aux résistances qualitatives et quantitatives
- Réponses adaptatives des agents phytopathogènes à leur environnement abiotique : de l’échelle individuelle à celle de la population
- Processus épidémiques ciblés sur l’inoculum : impact de la période interépidémique sur la dynamique adaptative des populations d’agents pathogènes
- Gestion durable des résistances variétales : de l’identification des solutions agroécologiques à l’évaluation des stratégies de déploiement à plusieurs échelles

Équipe Antifongiques, mode d’action et résistance (AMAR)
- Quels sont les processus adaptatifs qui sous-tendent l’adaptation des agents pathogènes ? (individus et populations)
- Comment améliorer la durabilité des fongicides dans le contexte de l’agroécologie ? (à l’échelle du paysage et de l’agrosystème)
- Comment mettre en œuvre la gestion de la résistance ? (à l’échelle du secteur agricole)

Équipe Effecteurs de la communication plante-pathogène (ECCP)
- Quels métabolites secondaires sont produits pendant l’infection ?
Quelles sont leurs fonctions et leurs cibles ?
- Analyse fonctionnelle des effecteurs protéiques sécrétés ciblant les microtubules des plantes
- Communication entre les pathogènes fongiques et leurs hôtes végétaux : Vésicules extracellulaires, petits ARN interférant fongiques, signaux de l’hôte

Équipe Évolution et génomique des interactions plante/pathogène (ÉGIP)
- Évolution adaptative de la virulence aux gènes de résistance
- Réseaux de régulation fongiques impliqués dans l’infection
- Adaptation évolutive à l’environnement

Équipe Effecteurs et pathogénèse chez Leptosphaeria maculans (EPLM)
- Comprendre les mécanismes qui sous-tendent les interactions biotiques au sein de l’écosystème plante/pathogène
- Comprendre l’adaptation et sa dynamique spatio-temporelle
- Identification et évaluation de méthodes durables de contrôle des maladies

En savoir plus
Publications
Consultez les publications de l’UMR BIOGER en accès ouvert sur HAL-AgroParisTech :
https://bit.ly/2FeWr3N
et
https://bit.ly/2UKDRa5

Contact
https://www6.versailles-grignon.inrae.fr/bioger/
direction.bioger chez inrae.fr
+33(0)1 30 81 54 37

AgroParisTech
16 rue Claude Bernard
F-75231 Paris Cedex 05
Tel: 33 (0) 1 44 08 18 43
Fax: 33 (0) 1 44 08 16 00
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