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Ressources Génétiques : Travaux en cours et résultats récents

UFR Génétique, élevage et reproduction

Indicateurs de variabilité génétique et suivi des populations

Comparaison de méthodes d’estimation de la taille efficace d’une population

La taille efficace permet de quantifier l’ampleur du phénomène de dérive génétique et de la réduction concomitante de variabilité dans une population aux effectifs limités de reproducteurs. De nombreuses méthodes d’estimation ont été mises au point mais elles ont fait rarement l’objet de comparaisons. Sur le cas de 2 races équines, nous avons comparé 4 méthodes, 2 fondées sur les données moléculaires et 2 sur les généalogies. Sur le cas de 140 races de 4 espèces, nous avons comparé 6 méthodes fondées sur les généalogies. Nous avons ainsi montré que, si le classement des populations demeure peu ou pas changé d’une méthode à l’autre, les valeurs estimées pour une même population peuvent varier dans des rapports de 1 à 10 jusqu’à plus de 1 à 100. Nous avons également mis en évidence une interaction méthode x espèce-filière quant à la fiabilité des estimations. Cette thématique est en cours de développement dans le cadre de la thèse de Belén Jimenez Mena, démarrée en septembre 2011. Après une typologie des méthodes disponibles, certaines d’entre elles seront comparées sur des données (i) simulées, (ii) expérimentales et (iii) issues des bases de données d’élevage.

Projet CASDAR-VaRumE : Mise au point de tableaux de bord à destination des gestionnaires des populations animales

Nous avons contribué à l’établissement de bilans de variabilité génétique dans plusieurs espèces (chevaux, ânes, bovins, ovins, chiens), sur la base d’indicateurs déduits des généalogies. Nous avons ainsi montré que les « grandes » races peuvent être, sur le plan génétique, de petites populations. Nous avons également montré l’efficacité de certaines règles de gestion génétique adoptées par les gestionnaires de races en conservation. Les bilans de ce type, établis ponctuellement, ont également contribué à convaincre de l’utilité pour les gestionnaires de disposer en routine de tableaux de bord de la variabilité des populations, qu’elles soient sélectionnées ou en conservation. C’est l’objet du projet en cours "Variabilité Génétique des Ruminants et des Equidés" (VaRumE) coordonné par l’Institut de l’Elevage et auquel nous participons (financement CASDAR)

Conservation et gestion génétique des populations

Projet BRG-CryoSitu : Complémentarité entre la cryopréservation et la conservation in situ

Ce projet visait à préciser les conditions optimales d’utilisation de matériels cryopréservés au sein de populations in situ. Les études ont été conduites par simulation aléatoire ainsi que par analyse de données issues de populations bovines et ovines. Les résultats ont tout d’abord conduit à ajuster certains des protocoles de collecte définis a priori. Nous avons surtout montré que, dans le cas de populations fortement sélectionnées, le matériel disponible en Cryobanque est insuffisamment abondant (du fait des contraintes fianncières) pour que sa seule réintroduction à un moment donné ait des effets sensibles sur l’évolution d’une population. En revanche, si de façon concomitante les objectifs ou les pratiques de sélection sont modifiées (prise en compte d’autres caractères, pratiques plus « amicales » vis-à-vis de la variabilité, …), alors, la réintroduction de matériel cryopréservé accroît l’efficacité de ces changements.

Valorisation des races locales et liens races-territoires

Projet ADD-Proddig : Races locales et produits sous cahier des charges avec indication géographique

Cette thématique a été développée dans le cadre de la thèse d’Adeline Lambert-Derkimba, co-dirigée avec une équipe du Dépnt SAD de l’INRA. Nous étant focalisés sur les produits bénéficiant d’une AOC, nous avons quantifié les effectifs d’animaux des différentes races mobilisés par ces derniers. Des enquêtes approfondies auprès des acteurs des filières ont été conduites dans trois cas porteurs de questions particulièrement illustratives : les races bovines des Alpes du Nord et leurs fromages AOC associés (D.50), les races ovines laitières des Pyrénées et l’Ossau-Iraty, et la race porcine Nustrale et le projet en cours d’une AOC charcuterie Corse. Pour les races laitières, l’analyse de données zootechniques a permis de corroborer certains résultats d’enquête relatifs aux stratégies différentielles des éleveurs et de leurs organismes pour s’adapter aux cahiers des charges AOC, notamment à la limite de productivité des animaux imposée par certains d’entre eux.

Projet Systerra-O2LA : Liens entre races animales locales et développement territorial

Nous sommes impliqués dans un des quatre groupes de tâches du projet O2LA, "Inscription territoriale de la gestion des races animales". Notamment, nous approfondissons les motifs et les conséquences de l’extension territoriale de races historiquement rattachées à une région bien précise, à savoir les races bovines Montbéliarde et Simmental Française, via des analyses de données zootechniques et des enquêtes de terrain.


D’autres travaux ont été réalisés ou sont en cours sur les thèmes suivants (page en construction) :

  • Inventaire et caractérisation des ressources génétiques
  • Analyse des polymorphismes et de la diversité des populations

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